Indonesië kent veel verschillende landschappen; zo worden de eilanden van West-Indonesië bedekt door dichte tropische regenwouden en zijn de Oost-Indonesische eilanden met hun savannes een stuk droger droger. Vrijwel alle eilanden hebben bergen en/of vulkanen. Er zijn hier ruim honderd actieve vulkanen, waarvan de bekendste Gunung Krakatau is, een vulkanisch eiland tussen Sumatra en Java. De grote eilanden, zoals Java, Kalimantan en Sumatra hebben lange rivieren die over het hele eiland naar zee stromen. Daarnaast is het Sumatraanse Tobameer op 900 meter hoogte met een oppervlakte van 1.700 vierkante kilometer en een diepte van 450 het grootste, diepste en meest hoogegelegen meer van Zuidoost-Azië. Indonesië kent ongeveer 140 miljoen hectare bos, dat samen het op één na grootste regenwoud ter wereld vormt. Deze bossen worden echter ernstig bedreigd door houtkap, erosie, bosbranden en de toenemende behoefte aan land voor land- en woningbouw – met name de gebieden onder de 1.400-metergrens geven hun bossen prijs aan de vooruitgang. De meest overdadige tropische regenwouden vind je op de eilanden Papua, Kalimantan en Sumatra. Het eiland Nieuw-Guinea heeft een oppervlakte van ongeveer 700.000 vierkante kilometer aan regenwouden, het meeste van heel Zuidoost-Azië. Ook het overgrote deel van het regenwoud in Papua - het westelijke, Indonesische deel van het eiland Nieuw Guinea - ligt er nog in zijn oorspronkelijke toestand bij. Op Sulawesi zijn ook nog grote stukken oorspronkelijk bos te vinden en op de Molukken liggen de grootste stukken regenwoud op Halmahera en Ceram.
Flora
Het aantal plantensoorten in Indonesië wordt geschat op 45.000 soorten, zo'n tien procent van alle soorten ter wereld. Hieronder vallen ook veel bedreigde plantensoorten, zoals bijvoorbeeld de grootste bloem op aarde, de Rafflesia arnoldii. Een andere veel voorkomende plant is de ‘melati', een geurige jasmijnsoort. Daarnaast groeien er 250 bamboesoorten en 150 soorten palmen; alleen al op Borneo zijn er zo'n 3.000 boomsoorten geteld. Op Papua vind je behalve meer dan 2.500 soorten orchideeën ook insectenetende bekerplanten en op Borneo groeit en bloeit de enige zwarte orchidee ter wereld. In Oost-Indonesie is het klimaat droger en domineren de moessonbossen. Op Nusa Tenggara (de kleine Soenda-eilanden) staan veel savannebossen; afhankelijk van de droogte verliezen de bossen hier zelfs geheel of gedeeltelijk hun bladeren. Aan de kust en langs rivieren zijn er voornamelijk mangrovebossen te vinden. Andere karakteristieke bomen zijn de kokospalm, de oliepalm, de lontarpalm, de sagopalm, rotan en de vele soorten Ficussoorten. In het westen zijn vooral de Dipterocarpaceaebomen belangrijk voor de hardhoutproductie.
Fauna
Indonesië is volgens de wetenschapper Alfred Wallace een overgangszone van Aziatische naar Australische diersoorten. De zogenaamde Wallacelijn loopt denkbeeldig tussen Bali en Lombok. Op Sumatra, Kalimantan, Java, Madura en Bali ten westen van de lijn leven voornamelijk diersoorten als beren, olifanten, neushoorns, tijgers, wilde runderen en vele apensoorten zoals de neusaap en de bedreigde orang-oetan. Ten oosten van de lijn, op Papua, vind je de buideldieren en de vele vogelsoorten van het Australische continent. Daartussen, op Sulawesi, de kleine Soenda-eilanden en de Molukken, bevindt zich een soort niemandsland, waar dieren van beide continenten leven. Er vliegen en scharrelen in Indonesië zo'n 1.500 vogelsoorten, waaronder kaketoes, kasuarissen, pauwen, argusfazanten, kroonduiven en baardvogels. Een van de meest bijzondere reptielen is de prehistorische Komodovaraan, die uitsluitend op de eilanden Padar, Rinca en Flores voorkomt.
