Locals die zich de Tweede Wereldoorlog nog kunnen herinneren, vertelden bezoekers altijd dat het op Morotai in 1943-1945 barstte van de militaire bedrijvigheid. Dagelijks was het op de landingsbanen langs de baai van Daruba een komen en gaan van tientallen vluchten. Duizenden soldatenlaarzen marcheerden continu over het eiland en dagelijks meerden marineschepen aan met hulpgoederen en versterking. Morotai was destijds namelijk de strategische basis van de geallieerde strijdkrachten van waaruit ze militaire posten op de Filipijnen en Borneo aanvielen in de strijd tegen de Japanse troepen tijdens de Tweede Wereldoorlog.
Op 15 september 1944 landden geallieerde troepen vanuit de VS en Australië onder leiding van de Supreme Commander voor de West Pacific General Douglas MacArthur, op de zuidwesthoek van Morotai waar de Japanners korte tijd daarvoor een landingsbaan hadden aangelegd. Deze hadden ze echter in de steek gelaten voor het eiland Halmahera iets meer zuidwaarts. Het Japanse bevel had maar ongeveer vijfhonderd soldaten op Morotai achtergelaten om het eiland te bewaken. Door hun overweldigende meerderheid konden de weinige Japanse troepen de oprukkende geallieerden niet verslaan. De Japanse marine heeft later geprobeerd het eiland te heroveren, maar ook dat was tevergeefs.
Toen de Japanners Morotai verlieten, zag generaal MacArthur dit als een uitgelezen kans om het eiland te veroveren dat volgens hem de meest strategische locatie was voor een tegenaanval om de Filipijnen op de Japanners te heroveren. De geallieerden legerden meer dan 50.000 troepen op Morotai. MacArthur verspilde geen tijd en legde meteen een aantal landingsbanen aan op de ruige koraalgrond. Op een bepaald moment zou Morotai maar liefst 60.000 soldaten hebben gehuisvest en was er een groot ziekenhuis met 1.900 bedden. In de buurt lag ook een drukke vlootbasis.
Later organiseerde de Australische strijdmacht vanuit Morotai ook uitvallen om Noord-Borneo aan te vallen. De militaire bedrijvigheid hield aan tot het eind van de Tweede Wereldoorlog en de overgave van de Japanners in 1945. Voor het verlaten van het eiland zouden de geallieerden alle bouwwerken op Morotai in brand hebben gestoken. In 1974 dook uit de jungles van Morotai een eenzame Japanse soldaat op: Taruo Nakamura. Hij had zich tientallen jaren schuilgehouden in de jungle en wist niet dat de oorlog allang was afgelopen. Tegenwoordig is Morotai nog slechts een vage herinnering in de kronieken van de Tweede Wereldoorlog en de militaire operaties aan het Pacifische front en is haar rol in de strijd voor de bevrijding van de Filipijnen bijna vergeten. Het eiland waar 53.000 mensen wonen, is weer teruggevallen in haar gebruikelijke van vredig tropisch paradijs.
Hier ligt Morotai:
